Milli Konservatoriyada elm sahəsində görülən işlər ali təhsil müəssisəmizin yaradıcı simasını ortaya çıxarmaqla səciyyələnir və fərqlənir. Kafedralarda fəaliyyət göstərən professor-müəllim heyətinin əksəriyyəti milli musiqi sənətinin dəyərli, müqtədir nümayəndələridir. Ona görə də burada elmi-tədqiqat və elmi-metodiki işlər yaradıcılıq-ifa fəaliyyəti ilə paralel şəkildə aparılaraq, eyni zamanda bir-birini üzvi surətdə tamamlayır. Müəllimlərimizin il boyu ortaya qoyduğu metodik tövsiyə və dərs vəsaitlərində, elmi məqalə və araşdırmalarında, xalq çalğı alətləri üçün çoxsaylı işləmə və köçürmələrdə çox vaxt elmi düşüncə tərzi ifaçılıq, bəstəkarlıq vərdişləri və kəşfləri ilə vəhdətdə özünü büruzə verir. Elmi işlər üzrə prorektorluq tərəfindən idarə olunan elmi-metodik şura konservatoriyada ərsəyə gələn elmi işlərin keyfiyyətinə və istiqamətinə ümumi nəzarəti həyata keçirir.
AMK-da elmi araşdırmaların əhəmiyyətli bir hissəsi etnomusiqişünaslıq, habelə tarixi və nəzəri musiqişünaslıq ilə bağlıdır. Prioritet sahələr sırasında musiqi türkologiyası və şərqşünaslığı, həmçinin etnoorqanologiya elmi yer alıb. Görülən işlərin aynası rolunu isə Milli Konservatoriyada 10 ildən artıq bir zaman kəsiyində nəşrini davam etdirən “Konservatoriya” elmi jurnalı oynayır. 2016-cı ildən jurnalın onlayn versiyası – rəsmi internet saytı mövcuddur. Jurnalın beynəlxalq redaksiya heyətinə dünyanın müxtəlif yerlərindən nüfuzlu alimlər daxildir. Məqalələr Azərbaycan, türk, ingilis və rus dillərində qəbul olunur və ekspert şurasının müsbət rəyini aldıqdan sonra jurnalın səhifələrində yer alır.
AMK-da bakalavr və magistr tələbələrin, həmçinin doktorant və dissertantların müasir metodologiyalara əsaslanan elmi-tədqiqat işlərinin təşkilinə xüsusi yer verilir. Tələbə Elmi Cəmiyyəti uzun illərdir gənclərin elmi tədqiqata cəlb olunması yolunda bir sıra layihələr həyata keçirir. Bu iş bir tərəfdən, tələbə elmi konfranslarının təşkilinə, digər tərəfdən isə tələbələrin Respublika səviyyəli müxtəlif olimpiadalarda və müsabiqələrdə çıxışına yönəlib.
Konservatoriyada elmi fəaliyyətin bir vacib istiqaməti də elmi konfrans və seminarların, dəyirmi masaların təşkilidir. Yeni inzibati-tədris binasında bu fəaliyyət daha intensiv xarakter alıb. 2015-ci ildən etibarən 6 ildir ki, AMK-nın Tələbə elmi cəmiyyətinin təşkilatçılığı ilə magistr tələbələrin “Musiqişünaslığın aktual problemləri” mövzusunda Respublika konfransı keçirilir. 2017-ci ildə Milli Konservatoriya ilk dəfə olaraq “Qloballaşan dünyada musiqi ənənələri” adlı Beynəlxalq konfrans təşkil etdi. Konfransın işinə Yaponiya, ABŞ, Kanada, Rusiya, Qazaxıstan, Özbəkistan və Türkiyədən gəlmiş sanballı alimlər qatılmışdılar. Bunun ardınca 2018-ci ildə Bakıda ilk dəfə olaraq keçirilən İSME-nin (Beynəlxalq Musiqi Təhsili Cəmiyyəti) növbəti Dünya konfransında Milli Konservatoriya “Türk xalqlarının musiqisi” bölməsinə uğurla ev sahibliyi etmişdir. Keçirilən bütün konfransların materialları ayrıca toplu şəklində nəşr olunmuşdur. Hazırda beynəlxalq elmi əməkdaşlığı nəzərdə tutan yeni aktual və maraqlı layihələr üzərində iş gedir.
Milli Konservatoriyada 2003-cü ildən etibarən elmi laboratoriyalar da yaradılıb. Hazırda “Milli musiqi alətlərinin təkmilləşdirilməsi” adlı elmi-təcrübi laboratoriya fəaliyyətini davam etdirir. Burada milli musiqi alətlərinin bərpası, rekonstruksiyası və təkmilləşdirilməsi ilə bağlı işlər aparılır. Qədim alətlərin bərpası, mövcud alətlərin təkmilləşdirilməsi, alət ailələrinin yaranması məsələləri həllini tapır. Tar, kamança, balaban alətləri ailələrinin yaranması, bir sıra qədim alətlərin bərpası və yaxud mövcud nümunələrin təkmilləşdirilməsi, milli hərbi-nəfəs alətləri orkestri üçün yeni zərb alətlərinin yaradılması bu laboratoriyanın uğurları sırasındadır. Laboratoriyada yaradılan alətlərdən ibarət “Əsrlərin sədası” ansamblı bir sıra beynəlxalq layihələrdə artıq uğurla çıxış edib.